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根据臭氧发生器厂家了解到医药工业洁净室与其他工业洁净室有所不同，特别是无菌生产，不仅要控制空气中一般的悬浮状态的气溶胶粒子，还要控制活微生物数，即提供所谓的“无菌”环境。“无菌”是相对的，用无菌保证率STA（Sterilty Assurance Level）来表示，医药工业上获得无菌空气的方法大致可以分为两大类：
灭菌：利用加热（干热、湿热）、化学试剂（如甲醛、环氧已烷）、臭氧、射线（如紫外灯照射）等方法，使空气中细菌的蛋白质变性以灭菌。
除菌：利用过滤介质（如各类空气过滤器、高效过滤器等净化设备）或静电除尘法将空气中尘埃、杂菌、予以捕集截留。
工业应用的除菌方法往往也不是单一的，而是两者的结合，对于流动的空气（如HVAC系统、压缩空气）常采用过滤介质除菌，而对于静止环境内空气，常采用灭菌法，用于无菌室、培养室、传递窗、衣服等的灭菌。
虽然，经HVAC系统内高效过滤器过滤后的空气，可以使房间的活微生物数控制在规定的范围内，然而，实际生产时，由于机器的运行、人员的进出，建筑物的表面均会产生尘粒，从而滋生细菌并极易吹落，特别是人员产生的细菌污染，一个人每小时约散发1000只死皮细胞（等价于20μm大小的粒子），因此无菌室的室内建筑材料、洁净服装的洗涤、晾干、包装也必须在洁净环境中进行；无菌服要经高温消毒灭菌；人员、设备、仪器进入无菌室应进行严格的消毒灭菌处理（人手需用消毒药物或喷洒）；定期进行室内消毒灭菌。
由于于无菌医械生产时，在洁净室的地面、墙面、顶棚、机器、人体衣服表面均可有活微生物粒子存在，当温湿度适宜时，细菌就可在其表面繁殖，并不时被气流吹散到室内。因此洁净室每天必须保证有足够时间用于清洁、消毒。
消毒方法
常见的表面消毒灭菌方法有紫外灯照射，臭氧接触，过氧已酸、环氧已烷等气体熏蒸、消毒剂喷洒等。
清洁和灭菌是驱除微生物污染的主要手段，但必须保证清洁及灭菌的彻底性，因此无菌医疗器械生产企业必须制定清洁与灭菌规程，并定期进行验证，以确定灭菌剂及浓度、臭氧发生器消毒设备、消毒时间是否合格。
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